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부가가치세 정보

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부가가치세법 시행령 일몰기한 도래

산학협력단이 제공하는 연구용역에 대한 부가가치세가 면제되는 것으로 규정하고 있는 부가가치세법 시행령 조항(제45조제2호)이 2013년 12월 31일자로 종료되었습니다.

부가가치세법 시행령

  • 제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

  • 1. (생략)

  • 2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것으로 한정한다)

  • 3. ~ 6. (생략)

따라서, 2014년 1월 1일부터 신규로 협약하는 연구용역은 연구비에 부가가치세를 과세하여야 합니다.(2013년 협약과제는 적용하지 않음) 다만, 연구용역에 한정하는 것으로 한국연구재단, 산업통상자원부 등이 지원하는 국가연구개발사업은 부가가치세 과세대상이 아니며, 기존 산업체 연구용역의 경우 100% 해당됩니다.

부가가치세 과세의 예외사항

부가가치세법 제45조제2호에 따른 면세 종료와 관계없이 연구용역에 대한 면세의 적용범위는 다음과 같습니다.

부가가치세법 시행령

  • 제42조(저술가 등이 직업상 제공하는 인적 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조제1항제15호에 따른 인적(人的) 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다.

  • 1. (생략)

  • 2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단ㆍ재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역

    • 가. (생략)

    • 나. 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역

    • 다.~마. (생략)

부가가치세법 시행규칙

  • 제32조(학술연구용역과 기술연구용역의 범위) 영 제42조제2호나목에서 “기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이란 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.

부가세 과세 일반용역이라는 큰 영역안에 산학협력단에게만 적용되는 부가세 면제 연구용역(부가가치세법 시행령 제42조 제2호)이라는 영역이 있고 그 안에 일반적인 부가세 면제 연구용역(부가가치세법 시행규칙 제32조)이 있디. 부가세 과세 일반용역이라는 큰 영역안에 산학협력단에게만 적용되는 부가세 면제 연구용역(부가가치세법 시행령 제42조 제2호)이라는 영역이 있고 그 안에 일반적인 부가세 면제 연구용역(부가가치세법 시행규칙 제32조)이 있디.

상기 그림과 같이 [부가가치세법 시행령 제42조제2호]는 일반적인 부가가치세 면세 범위에 한정하지 않고, 산학협력단이 제공하는 모든 종류의 연구용역에 폭넓게 부가가치세 면세가 적용되었습니다. 하지만 일몰도래에 따라 “새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역”의 경우만 부가가치세가 면세됩니다.

연구용역 계약서 작성 방법

2014년 1월 1일부터 신규로 연구계약을 체결할 경우에는 부가가치세를 별도로 받을 수 있도록 계약서에 “부가가치세 별도 지급”이라는 문구를 삽입하여 주시기 바랍니다. 계약서상 연구비 금액에 “부가가치세 별도 지급”이라는 문구가 없을 경우 연구계약금액 내에서 부가가치세를 납부해야 합니다.(단, 부가가치세 면세 적용 연구용역 제외)

연구계약서 작성 예시

  • 예시1. 제○조 연구비는 10,000,000원으로 한다. 단, 부가가치세 10%는 별도로 지급한다.

  • 예시2. 제○조 연구비는 10,000,000원(부가가치세 별도)으로 한다.

  • 예시3. 제○조 연구비는 11,000,000원(부가가치세 포함)으로 한다.

  • 이 경우 수령해야 할 총금액은 11,000,000원이며, 연구비로 집행할 수 있는 금액은 10,000,000원입니다.

주의사항

만약 아래와 같이 부가가치세에 대한 기재없이 계약을 할 경우, 연구비에 부가가치세가 포함된 것으로 보아야 하므로 연구비로 집행할 수 있는 금액이 줄어들게 됩니다.

  • 예시1. 제○조 연구비는 10,000,000원으로 한다.

  • 이 경우 수령하는 금액은 10,000,000원이며, 연구비로 집행할 수 있는 금액은 부가가치세 10%를 제외한 9,090,910원입니다.

[참고사항] 산업체의 경우 연구용역의 계약시 납부한 부가가치세는 공제 받음.

부가가치세법

  • 제38조(공제하는 매입세액)

  • ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1>

    • 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

    • 2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

  • ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

  • ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

면세 종료에 따라 연구용역 계약시 연구비에 부가가치세가 부과됨으로써, 산업체 입장에서 연구비의 증액(부가세 별도) 또는 연구자 입장에서 실연구비의 감액(부가세 포함)으로 체감하여 연구비의 협상에 어려움을 겪을 수 있습니다. 하지만, 산업체에서는 연구용역에서 발생하는 부가가치세를 공제받을 수 있습니다. 즉, 용역결과를 공급받기 위해 지급한 연구비의 포함된 부가가치세(매입세액)는 매출에 포함된 부가가치세(매출세액)에서 공제를 받을 수 있습니다[부가가치세법 제38조]. 매출세액의 공제에 따른 신고의 번거로움과 규모가 작은 기업일수록 부가가치세의 지급에 따른 단기 지출의 증가로 경영상 어려움을 겪을 수는 있지만, 부가가치세의 공제로 금전적인 손해가 없으므로 연구비의 “부가가치세 별도 지급”을 활용하여 주시기 바랍니다.

연구용역 부가가치세 면세 적용 요청서

앞서 설명한 바와 같이, “새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역”의 경우 부가가치세가 면세됩니다. 하지만, “수행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역”에 대한 명확한 판단기준이 없는 상황입니다. 이에 교육부에서 부가가치세 면세 종료에 따른 가이드라인을 2014년 2월 말 배포 예정입니다.[교육부 산학협력과 문의사항]

또한, 특정 연구용역이 이에 해당하는지 산학협력단의 연구관리담당자가 판단하기에는 어려움이 있습니다. 만약, 세무조사를 받을 경우 이에 대한 논쟁이 있다면 특정 연구과제가 면세 사유에 포함이 되는 근거를 제시하여야 하고, 이에 대한 판단은 국세청에서 할 것입니다. 하지만, 국세청 관계자도 특정 연구분야의 전문가가 아니기 때문에 판단을 하기가 쉽지 않을 것으로 생각됩니다. 따라서, 면세 적용에 대한 부분은 연구를 직접 계획, 수행하는 연구자의 몫으로 판단되며, 판단에 대한 근거 자료를 마련하고 세무조사에 대비가 필요합니다.

이에 따라, 연구용역의 계약시 가급적 부가가치세를 과세하여 주시고, 예외 사항에 포함된다고 판단되실 경우 [연구용역 부가가치세 면세 적용 요청서]를 작성하여 제출하여 주시기 바랍니다.

연구용역 부가가치세 면세 적용 요청서

예외사항에 대한 판단 기준

  • 교육부 가이드라인 배포 전 : 연구자 자체 기준 판단

  • 교육부 가이드라인 배포 후 : 가이드라인 기준 판단

요약

  • 2014년 1월 1일부터 신규로 협약하는 연구용역은 원칙적으로 연구비에 부가가치세를 과세.

  • 면세사항에 포함된다고 판단될 경우 [연구용역 부가가치세 면세 적용 요청서] 작성 제출